核酸原位雜交可根據其檢測物而分為細胞內原位雜交和組織切片內原位雜交；根據其所用探針及所要檢測核酸的不同又可分為DNA-DNA, RNA-DNA, RNA-RNA雜交。但不論哪種雜交都必須經過組織細胞的固定，預雜交，雜交，沖等一系列洗步驟及自顯影或酶法顯色以顯示雜交結果。

我們在這兒介紹的是整胚原位雜交，不同于一般的在載片上對細胞和組織切片進行探針雜交及檢測的原位雜交，

原位雜交技術還在以下生物領域有應用：

生態學和環境科學：在生態學和環境科學領域，原位雜交技術可以用于研究生物與環境之間的相互作用。例如，通過標記特定基因的探針，可以檢測環境中微生物種群的分布和變化，進而研究其對環境的影響和作用。

進化生物學：在進化生物學領域，原位雜交技術可以用于研究物種之間的遺傳差異和進化關系。例如，通過比較不同物種之間基因序列的差異，可以揭示物種之間的親緣關系和進化歷程。

生物領域應用原位雜交技術的例子：

基因表達和調控研究：原位雜交技術可以用于研究基因表達的調控機制。例如，可以標記特定基因的探針，檢測該基因在不同環境、不同生長條件下的表達情況，進而研究其表達調控機制。

細胞分化與發育研究：在細胞分化與發育研究中，原位雜交技術常被用于檢測和定位特定基因的表達情況，進而了解細胞分化的過程和機制。例如，可以標記與細胞分化相關的基因探針，檢測該基因在不同組織、不同發育階段的表達情況。