熒光顯微鏡應用于水質“兩蟲”檢測人們常說水是生命的源泉，可見飲用水質量的優劣直接關乎人類健康。常規的飲用水監測范疇包含色度、余氯、雜質、細菌數等物理、化學以及細菌指標的檢測，除此之外，賈第鞭毛蟲（Giardia）和隱孢子蟲（Cryptosporidium）（簡稱“兩蟲”）是主要的導致人體腹瀉的兩種水源性原生動物，是影響水質不容忽視的重要因素，近年來水質監測領域對兩蟲的檢測越來越重視。“兩蟲”主要通過被污染的飲用水或食物人類，其卵囊或孢囊個體微小、致病劑量低、抵抗環境壓力強、方式簡單、發流行且呈性分布，嚴重危害水質。人類對“兩蟲”疾病普遍易感，者多表現為急、、低熱甚至等臨床癥狀，絕大多數對其ZL無效，抵抗主要依賴于人體自身的。

EPA1623方法的操作簡介：

“EPA1623方法”是由美國國家環保局制定的用于測定水中隱孢子蟲和賈第鞭毛蟲的標準方法。概括地說,該方法分為三部。，對水樣進行過濾,收集水中的卵囊和孢囊；第二，利用磁分離來純化過濾樣品；第三，對純化的樣品通過熒光顯微鏡法來檢測“兩蟲”的數量。

水樣過濾：

將卵囊、孢囊及其他物質收集在過濾器上。該過濾器可用于實驗室批量水樣的過濾，也可以用于野外現場水樣的過濾。

磁分離：

將離心后含有卵囊和孢囊的沉淀物用純水混勻，并向其中加入磁分離試劑進行磁分離。其原理是：利用帶有特異性的磁珠與樣品中的目標產物G/C特異性抗原相結合，在磁場中選擇性分離。

IFA 染色 & 鏡檢：

將卵囊和孢囊在井形載玻片上用磁熒光標記的單性和DAPI溶液著色后，用正置熒光和差分干涉相襯（DIC）顯微鏡對著色樣本進行檢測。

隱孢子蟲和賈第鞭毛蟲的純化—磁分離技術:1999年美國在EPA1623方法中規定利用IMS{Immuo Magnetic Separation}磁分離技術Dynabeads來分選檢測飲用水中隱孢子蟲卵囊和賈第鞭毛蟲孢囊，其原理是：利用帶有特異性的磁珠與樣品中的目標產物G/C特異性抗原相結合，在磁場中搞笑選擇中分離。

3、IFA染色&鏡檢

待井形載玻片的純化液干后，用NaOH中和井形載玻片上樣品，再用Dynal公司的Aqua-GloTMG/C染色試劑盒，將卵囊和孢囊在井形載玻片上用磁熒光標記的單性和DAPI溶液著色后，蓋上蓋玻片。然后，OLYMPUS熒光和差分干涉相襯（DIC）顯微鏡對著色樣本進行檢測。觀察樣本，對符合卵囊和孢囊大小、外形、熒光特性的對象進行定性、定量分析。