產地不同：普通鴨蛋大部分都是在內陸小湖小泊中人工養殖的鴨子產的蛋，海鴨蛋是由海邊城市天然放養的海鴨所產的蛋。

喂食飼料不同：普通鴨蛋一般以人工飼料或者湖中的淡水魚為食，為了保證其質量以及產蛋的數量，一般主要還是人工飼料為主，而海鴨蛋是由海邊城市天然放養的海鴨所產的蛋，其主要以海中的小魚、小蝦、小螺以及小蟹為食，無添加，這種海鴨十分肥美。

營養價值不同：食用海鴨蛋對人體多么有益，關鍵是其營養不僅豐富，但是其膽固醇含量還只是雞蛋的50%，而普通鴨蛋營養價值就比海鴨蛋營養價值就遜色很多。

海鴨以捕食海邊小海鮮為生，所以又形象的稱之為叫弄潮鴨，海鴨蛋是中國南海北部灣海域國家紅樹林保護區、主要產區為湛江、防城港、北海、欽州、威海、廣東臺山等沿海地區的海邊域涂灘養殖的海鴨所產的蛋。每次潮落，紅樹林里總會滯留有很多的小魚、小蝦、小蟹、小螺等海洋生物。這些高蛋白的天然餌料就變成了海鴨的美餐，使得海鴨體肥蛋多，蛋黃晶紅，由此可見海鴨蛋與普通鴨蛋相比，營養價值是更高的。

咸鴨蛋的食用歷史悠久，早在南北朝時的《齊民要術》中就有記述：“浸鴨子一月，煮而食之，酒食具用。”說的就是咸鴨蛋。很多地方都有腌制咸鴨蛋的習俗，在當涂有名的咸鴨蛋就是石臼湖紅心咸鴨蛋。石臼湖水域寬廣，無公害，無污染源，夏漲冬落，貫注長江，水質明凈清澈，微甜呈中性；湖里的水草豐美，魚、蝦、螺、蚯蚓眾多……當地自由放養的湖陽麻鴨，以此天然水生物為食，得其養份精華，故蛋心自然鮮紅，含有豐富的蛋白質及人體所需的多種微量元素。