分子實(shí)驗(yàn)介紹——熒光定量PCR檢測
熒光定量PCR是檢測生物樣品中RNA含量的普遍的方法，通過熒光染料或熒光標(biāo)記的特異性的探針，對PCR產(chǎn)物進(jìn)行標(biāo)記跟蹤，實(shí)時(shí)在線監(jiān)控反應(yīng)過程，結(jié)合相應(yīng)的軟件可以對產(chǎn)物進(jìn)行分析，計(jì)算待測樣品模板的初始濃度。目前主要使用Sybr green和taqman法對RNA含量進(jìn)行檢測。這些方法究竟孰優(yōu)孰劣，斯坦福大學(xué)醫(yī)學(xué)院遺傳學(xué)系的研究人員對市場上三個(gè)主流的外顯子組測序平臺進(jìn)行了比較。Sybr green在低樣本量時(shí)成本較低，目前選用的較多。
SYBR Green I是一種只與DNA雙鏈結(jié)合的熒光染料。當(dāng)它與DNA雙鏈結(jié)合時(shí)，發(fā)出熒光；從DNA雙鏈上釋放出來時(shí)，熒光信號急劇減弱。因此，在一個(gè)體系內(nèi)，其信號強(qiáng)度代表了雙鏈DNA分子的數(shù)量。SYBR Green熒光染料法定量PCR的基本過程是：1、開始反應(yīng)，當(dāng)SYBR Green染料與DNA雙鏈結(jié)合時(shí)發(fā)出熒光。2、DNA變性時(shí)，SYBR Green染料釋放出來，熒光急劇減少。分子生物學(xué)檢測技術(shù)是現(xiàn)代分子生物學(xué)與分子遺傳學(xué)取得進(jìn)步的結(jié)晶，是在人們對基因的結(jié)構(gòu)以及基因的表達(dá)和調(diào)控等生命本質(zhì)問題的認(rèn)識日益加深的基礎(chǔ)上產(chǎn)生的。3、在聚合延伸過程中，引物退火并形成PCR產(chǎn)物。4、聚合完成后，SYBR Green染料與雙鏈產(chǎn)物結(jié)合，定量PCR系統(tǒng)檢測到熒光的凈增量加大。
實(shí)驗(yàn)流程：細(xì)胞或組織RNA提取-RNA濃度檢測-RNA逆轉(zhuǎn)錄-定量PCR檢測。
結(jié)果示例：
圖 A 基因擴(kuò)增曲線圖；B 基因擴(kuò)增溶解曲線圖；C mRNA相對表達(dá)量變化
從圖中可以擴(kuò)增曲線可以看出目的RNA擴(kuò)增效果，溶解曲線可以看出引物識別特異性情況，通過使用ΔΔCt方法計(jì)算可以得到每個(gè)組中目的mRNA表達(dá)變化。
逆轉(zhuǎn)錄病毒構(gòu)建及包裝
逆轉(zhuǎn)錄病毒（Retrovirus）是一類RNA病毒。在逆轉(zhuǎn)錄酶的作用下，以病毒RNA為模板合成cDNA再通過DNA、轉(zhuǎn)錄、翻譯等過程形成病毒顆粒。逆轉(zhuǎn)錄病毒表達(dá)系統(tǒng)是一種新的重組蛋白表達(dá)系統(tǒng)，由逆轉(zhuǎn)錄病毒載體、輔助載體（表達(dá)病毒包裝需要的蛋白質(zhì)）和包裝細(xì)胞系組成。逆轉(zhuǎn)錄病毒載體在外源基因表達(dá)、基因沉默、、生物制藥等得到廣泛的應(yīng)用。外顯子測序外顯子組測序（exome-seq）是對定向富集的基因組DNA進(jìn)行高通量測序，它能夠以相對低的費(fèi)用對人類外顯子組進(jìn)行拷問。逆轉(zhuǎn)錄病毒載體主要優(yōu)點(diǎn)：轉(zhuǎn)染范圍廣，可以各種細(xì)胞類型，轉(zhuǎn)入的外源基因可完全融合，對細(xì)胞率高，細(xì)胞不產(chǎn)生病變，可建立細(xì)胞系長期持續(xù)表達(dá)外源基因。
逆轉(zhuǎn)錄病毒載體系統(tǒng)共有兩部分組成：包裝細(xì)胞系和缺陷病毒本身。在逆轉(zhuǎn)錄病毒載體中，去除了正常的蛋白編碼序列而保留了和包裝信號，通過分子技術(shù)將目的基因插入此載體上，而包裝細(xì)胞系能提供病毒載體包裝成病毒粒子所需的結(jié)構(gòu)蛋白。當(dāng)重組病毒載體導(dǎo)入包裝細(xì)胞后，缺陷病毒載體和包裝細(xì)胞的互補(bǔ)作用共同完成病毒裝配，該病毒顆粒可其它宿主細(xì)胞，此時(shí)目的基因進(jìn)入該細(xì)胞并整合到細(xì)胞基因組中，導(dǎo)致插入序列在宿主細(xì)胞中表達(dá)，產(chǎn)生目的蛋白。將含有靶基因mRNA同源互補(bǔ)序列的RNA（DoublestrandRNA，dsRNA）導(dǎo)入細(xì)胞后，能夠特異地識別該mRNA，引起mRNA的降解，從而導(dǎo)致相應(yīng)的功能缺失。宿主細(xì)胞不能像包裝細(xì)胞那樣為缺失結(jié)構(gòu)基因的逆轉(zhuǎn)錄病毒提供結(jié)構(gòu)蛋白，因而在宿主細(xì)胞內(nèi)不會產(chǎn)生新的毒顆粒，保證了該載體在生物制品領(lǐng)域的生物安全性問題。
凝膠阻滯遷移電泳檢測服務(wù)（EMSA）
凝膠遷移或電泳遷移率實(shí)驗(yàn)（electrophoretic mobility shift assay，EMSA）是一種研究DNA/RNA結(jié)合蛋白和其相關(guān)的DNA/RNA結(jié)合序列相互作用的技術(shù)，可用于定性和定量分析。依據(jù)實(shí)驗(yàn)需要，設(shè)計(jì)標(biāo)記探針、非標(biāo)記探針、蛋白特異性抗ti等參照物，基于DNA-蛋白質(zhì)或RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合體在聚bing烯酰胺凝膠電泳（PAGE）中有不同遷移率的原理，當(dāng)轉(zhuǎn)錄因子與特異的DNA或RNA結(jié)合后，其在PAGE中的遷移率將小于未結(jié)合核蛋白轉(zhuǎn)錄因子的DNA，從而檢測到活化的與DNA或RNA結(jié)合的蛋白轉(zhuǎn)錄或調(diào)節(jié)因子。以zui小點(diǎn)面積30，平滑度2為主要參數(shù)zui大限度檢測蛋白質(zhì)點(diǎn)。