在很多場合，用戶可能還要輸入其他的一些輔助信息，以幫助系統進行匹配，如帳號、用戶名等。此過程是一個通用的過程，對所有的生物特征識別技術都適用。有人曾提出用汗腺孔來進行指紋識別，但這種方法要求指紋采集設備要具有非常高的分辨率。所以在實際的系統中沒有采用。用棱鏡將其投射在電荷耦合器件上CMOS或者CCD上，進而形成脊線（指紋圖像中具有一定寬度和走向的紋線）呈黑色、谷線（紋線之間的凹陷部分）呈白色的數字化的、可被指紋設備算法處理的多灰度指紋圖像。然后對比資料庫看是否一致。

電容式指紋識別要比光學式的復雜許多，其原理是將壓力感測、電容感測、熱感測等感測器整合于一塊芯片中，當指紋按壓芯片表面時，內部電容感測器會根據指紋波峰與波谷而產生的電荷差（或是溫差），形成指紋影像，再通過與手機內部的指紋庫進行匹配，從而完成指紋識別。電容式指紋識別是利用硅晶元與導電的皮下電解液形成電場，指紋的高低起伏會導致二者之間的壓差出現不同的變化，借此可實現準確的指紋測定。在登記過程中，用戶需要先采集指紋，然后計算機系統將自動進行特征提取，提取后的特征將作為模板保存在數據庫或其他的地方。

在登記過程中，用戶需要先采集指紋，然后計算機系統將自動進行特征提取，提取后的特征將作為模板保存在數據庫或其他的地方。光學式指紋識別主要包括4個方面功能：指紋模塊負責采集指紋圖像。數字信號處理器主要把采集到的指紋圖像轉化為數字信號。有人曾提出用汗腺孔來進行指紋識別，但這種方法要求指紋采集設備要具有非常高的分辨率。所以在實際的系統中沒有采用。