限硫令生效后，預計大多數船舶將使用含硫量低于0.50%的餾分燃料，但是目前大部分船舶一直在使用高粘度高硫燃料油。提前預約船舶塢期，并應考慮船塢繁忙可能存在的壓港現象；慎重安排船員自行清洗，應考慮到船員人手不足、疲勞、通風不足和安全問題。形成含有沉淀物和瀝青質污泥的半固態物質層，還會沉淀在燃油管路及沉淀柜和日用柜中。

船東需要考慮使用其他的替代方法進行燃油艙和管路的清洗。目前除了進船塢清洗外，還有在營運期間清洗及使用添加劑進行清洗兩種辦法。船舶進入船塢進行燃油艙清洗所需要的時間因船而異，但一般來說每個燃油艙清洗的平均耗時為2-4天，再加之對船舶燃油系統管路的沖洗。燃油艙應定期清洗，以清除淤積的沉淀物和污泥，油艙通常是在干船塢或燃料箱檢查期間進行。

清洗過程中也可以同時檢查油艙結構、加熱系統以及進行壓力測試等。限硫令生效后，預計大多數船舶將使用含硫量低于0.50%的餾分燃料，但是目前大部分船舶一直在使用高粘度高硫燃料油。如果船舶在船塢中僅僅清洗了燃油艙，而沒有進行管路沖洗，船舶在接收完合規燃油后仍需要2-5天的時間來沖洗燃油系統管路以達到排放要求。