正如電子管電路向晶體管電路和集成電路發(fā)展時(shí)所經(jīng)歷的那樣，核酸雜交技術(shù)的集成化也已經(jīng)和正在使分子生物學(xué)技術(shù)發(fā)生著一場(chǎng)革命。現(xiàn)在全世界已有十多家公司專(zhuān)門(mén)從事基因芯片的研究和開(kāi)發(fā)工作，且已有較為成型的產(chǎn)品和設(shè)備問(wèn)世。主要代表為美國(guó) Affymetrix 公司。該公司聚集有多位計(jì)算機(jī)、數(shù)學(xué)和分子生物學(xué)，其每年的研究經(jīng)費(fèi)在一千萬(wàn)美元以上，且已歷時(shí)六七年之久，擁有多項(xiàng)。

主要原因是，合成反應(yīng)每步產(chǎn)率比較低，不到 95% 。而通常固相合成反應(yīng)每步的產(chǎn)率在 99% 以上。因此，探針的長(zhǎng)度受到了限制。而且由于每步去保護(hù)不很，致使雜交信號(hào)比較模糊，信噪比降低。為此有人將光引導(dǎo)合成技術(shù)與半異體工業(yè)所用的光敏抗蝕技術(shù)相結(jié)合，以酸作為去保護(hù)劑，使每步產(chǎn)率增加到 98% 。原因是光敏抗蝕劑的解離對(duì)照度的依賴(lài)是非線(xiàn)性的，當(dāng)照度達(dá)到特定的閾值以上保護(hù)劑就會(huì)解離。所以，該方法同時(shí)也解決了由于蔽光膜透光孔間距離縮小而基因芯片引起的光衍射問(wèn)題，有效地提高了聚合點(diǎn)陣的密度。另?yè)?jù)報(bào)導(dǎo) ，利用波長(zhǎng)更短的物質(zhì)波如電子射線(xiàn)去除保護(hù)可使點(diǎn)陣密度達(dá)到 1010/cm2 。

按照芯片上的探針對(duì)微陣列芯片進(jìn)行分類(lèi)，有核酸芯片、蛋白質(zhì)芯片和組織芯片等，目前應(yīng)用泛的是核酸芯片，核酸芯片又有兩種類(lèi)型，分別是cDNA微陣列和寡核苷酸微陣列。

cDNA基因文庫(kù)由PCR產(chǎn)物組成，為雙鏈結(jié)構(gòu)，長(zhǎng)度一般在數(shù)百至數(shù)千堿基對(duì)，因而芯片的雜交條件對(duì)每個(gè)基因不能保證是的，假陽(yáng)性率較高，因此，判定cDNA微陣列的終結(jié)果時(shí)，有必要對(duì)篩選出的基因進(jìn)行測(cè)序。在應(yīng)用cDNA微陣列進(jìn)行研究時(shí)，一般需要提供一個(gè)對(duì)照樣本，將其與需要研究的標(biāo)本給予不同的標(biāo)記，將二者燈亮混合后共同注入芯片進(jìn)行孵育。掃描后得到的原始數(shù)據(jù)是各個(gè)單元格中信號(hào)強(qiáng)度的比率。