主要是通過4大作用機制實現的——拮抗、重寄生、競爭、誘導增強抗性。

所謂拮抗，指的是哈茨木霉菌的分泌物（分泌的一些抗生素）能夠抑制中有害病菌的定植、繁殖、生長和分解病菌細胞壁、阻止病菌向作物的侵染擴散，從而達到抑菌殺菌防治病害的作用；

所謂寄重生，指的是哈茨木霉菌通過接觸、纏繞、穿透、寄生在病菌表面而吸取病菌體內的養分，從而達到抑菌殺菌防治病害的作用；

所謂競爭，指的是哈茨木霉菌通過快速繁殖擴散（哈茨木霉菌繁殖能力和對惡劣環境的適應能力比枯草芽孢桿菌強太多了）的方式，在土壤中快速形成菌群數量優勢，從而通過與土壤中病菌強力競爭水分、養分、空間、氧氣等方法，從而達到削弱、抑制、排斥、殺死病菌的病害防治效果；

所謂誘導增強抗性，指的是哈茨木霉菌的分泌物（分泌的一些生物酶等活性物質）可以刺激作物自己主動啟動和增強防御系統（分泌合成具有抗病能力的酚類化合物、木質素等物質），從而增強作物對外部病菌侵染的抵御能力。

應用方面：哈茨木霉在農業生產中主要用于植物病害的防治和植物生長的促進，可以應用于不同的作物生產中。