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lncRNA測序
長鏈非編碼RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指長度大于200 nt的RNA,位于細胞核內或胞漿中,不參與蛋白質編碼功能,以RNA形式在多種層面上(表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄后調控等)調控基因的表達水平,在生命活動中具有重要作用。腺病毒包裝原理介紹腺病毒是一種沒有包膜的直徑為79-90nm的顆粒,由252個殼粒呈二十面體排列構成。
長鏈非編碼RNA測序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一種使用特定方法降低樣本中rRNA 的豐度,對富集到的 RNA進行文庫構建,再對高通量測序儀產出的數據進行信息分析的研究方法。近年來,分子生物學檢測技術的方法學研究取得了進展,先后建立了各種分子生物學檢測技術。lncRNA-Seq可一次性獲得樣本中全部的lncRNAs信息,對lncRNAs的類別、功能進行的深入分析,從而快速準確地獲得與特定生物學過程(例如發育、疾病等)相關 lncRNA信息。
凝膠阻滯遷移電泳檢測服務(EMSA)
凝膠遷移或電泳遷移率實驗(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)是一種研究DNA/RNA結合蛋白和其相關的DNA/RNA結合序列相互作用的技術,可用于定性和定量分析。全轉錄組測序全轉錄組是指特定組織或細胞在特定狀態下所有轉錄產物的總和,包括mRNA和各種noncodingRNA。依據實驗需要,設計標記探針、非標記探針、蛋白特異性抗ti等參照物,基于DNA-蛋白質或RNA-蛋白質復合體在聚bing烯酰胺凝膠電泳(PAGE)中有不同遷移率的原理,當轉錄因子與特異的DNA或RNA結合后,其在PAGE中的遷移率將小于未結合核蛋白轉錄因子的DNA,從而檢測到活化的與DNA或RNA結合的蛋白轉錄或調節因子。二、使用說明
1、裝載探針
對于刺激時間較短(通常為2小時以內)的細胞,先裝載探針,后用活性氧陽性對照及自己感興趣的刺激細胞。對于細胞刺激
時間較長(通常為6小時以上)的細胞,先用活性氧陽性對照及自己感興趣的刺激細胞,后裝載探針。
原位裝載探針:本方法僅適用于貼壁培養細胞。按照1:1000用無培養液稀釋DCFH-DA,使終濃度為10微摩爾/升。去除細胞培養液,加入適當體積稀釋好的DCFH-DA。目前常用的RNA干擾手段為miRNA、shRNA和siRNA等。加入的體積以能充分蓋住細胞為宜,通常對于六孔板的一個孔加入稀釋好的DCFH-DA的體積為1毫升。37℃細胞培養箱內孵育20分鐘。用無細胞培養液洗滌細胞三次,以充分去除未進入細胞內的DCFH-DA。
7.如何檢測引物的純度?
答:實驗室方便的作法是用PAGE方法。使用加有7M尿素的16%的聚酰胺凝膠進行電泳。取0.2-0.5OD的引物,用尿素飽和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到飽和,上樣前加熱變性(95℃,2mins)。分子實驗介紹——印跡(Westernblot)檢測通過SDS-PAGE凝膠將細胞或生物樣品內的蛋白按照蛋白分子量從大到小規律分離開。加入尿素的目的一是變性,二是增加樣品比重,容易加樣。600V電壓進行電泳,一定時間后(約2-3小時),剝膠,用熒光TLC板在紫外燈下檢測帶型,在主帶之下沒有雜帶,說明純度是好的。如果條件許可,也可以用EB 染色或銀染方式染色。
而有的廠家提供Maldi-TOF質譜QC質量控制,從而保障了合成的準確率:
Bioneer使用多重Maldi-TOF質譜儀進行全自動裝載及監測。 每份樣品的質譜分析數據將自動插入到寡核苷酸的信息單中。轉錄組研究是基因功能及基因結構等研究的基礎,通過新一代高通量測序,能夠快速的獲得某一物種特定組織或在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息,已廣泛應用于臨床診斷、基礎研究和研發等領域。Bioneer是世界上僅有的幾個對生產的每份核苷酸 (單個寡核苷酸和高通量和成) 都用MALDI-TOF質譜儀檢測進行核苷酸QC檢測的廠商,而且免費提供質譜數據。
8.如何計算引物的濃度?
答:引物保存在高濃度的狀況下比較穩定。引物一般配制成10-50pmol/ul。 一般情況下,建議將引物的濃度配制成50pmol/ul,加水的體積(微升)按下列方式計算:V (微升)= OD數*(乘)33 *(乘)*(乘)20000 / (除) 引物的分子量。由于腺病毒的這些特點使其廣泛地應用于體外基因轉導、體內接種yi苗、和基因zhi療等各個領域。引物的分子量可以從合成報告單上獲得。如果需要配制成其他濃度,按上述公式換算。
注意:1 OD260= 33 ug/ml.